Las causas de esta afección son desconocidas en la mayoría de los pacientes. En algunos casos, los síntomas pueden presentarse después de una comida excesiva o por haber ingerido determinados medicamentos que producen lesiones en la mucosa gástrica, como pueden ser la aspirina o los antiinflamatorios.
Es posible, también, que la causa se deba a problemas psicológicos, tales como el estrés, la ansiedad o la depresión.
Algunos pacientes con dispepsia pueden tener una herida o erosión, denominada úlcera, en el estómago o en la zona del duodeno, causadas, en su mayoría, por una bacteria denominada Helicobacter pylori.
Las causas por las que se producen la mayoría de los casos de dispepsia son el consumo excesivo de alcohol, la ingesta de alimentos picantes, o muy grasientos, e ingerir grandes cantidades de comida en poco tiempo.
Otras razones pueden ser el tabaquismo, los alimentos con mucha fibra o consumir demasiada cafeína.